现在对水体中微囊藻毒素的检测已发展了多种分析方法，主要有生物分析法、化学分析法和生化分析法。
生物分析法：
传统的生物分析法通常用小鼠腹腔注射或口腔灌喂评价微囊藻毒素的毒性。
用纯化的微囊藻毒素或水华蓝藻中粗提藻毒素进行测试，根据其生理病变及半致死量可初步确定其毒性（除个别异构体的LD50为200～250μg/kg，多数微囊藻毒素的LD50为60～70ug/kg）。这也是毒理评价的常用方法。此外还有用无脊椎动物如虾、贝、水蚤及其卵进行毒性评价的研究，以细菌进行生物分析也有报道。这类方法灵敏度较差，所得到的毒型结果与小鼠的品系有关，可比性较差，且无法确定毒素类型及结构。但该方法操作简单，且可以监测到过去未曾发现的新毒素。
化学分析法：
化学分析法主要包括气相色谱 （GC）、薄层色谱（TLC）、液相色谱（HPLC）、液相色谱/质谱分析（LC/MS）及毛细管电泳（CE）等，其中HPLC应用zui广。这些方法利用微囊藻毒素的物化性质结合灵敏的光电技术对其进行定性、定量分析。
液相色谱：
液相色谱可以分析一些气相色谱无法分析的挥发性差、极性强、热稳定性差的物质。常用的检测器有紫外-可见光（UV-VIS）（ultraviolet- visible）检测器、示差折光检测器、荧光、化学发光检测器、火焰离子化检测器和电化学检测器等。
HPLC技术一般采用正相或反相色谱柱对毒素进行分离，然后进行紫外（UV）、荧光（FL）或化学发光（CL）检测。将被测毒素与标准毒素的滞留时间进行比较可对被测毒素进行鉴定，将被测毒素与标准毒素的峰面积进行比较可对其进行定量。目前常采用HPLC/UV法对MC进行监测，监测限度一般为ng级。
液相色谱是目前应用、研究较多的方法，这一方面取决于微囊藻毒素本身的物理和化学性质，另一方面也因为该法有良好的灵敏度（可达0.1μｇ/Ｌ）和选择性。其步骤是先将水华蓝藻的毒素提取液或实际水样通过固相萃取吸附富集，溶剂淋洗后将净化的微囊藻毒素洗脱，用于定性分析。用于色谱分析。同时，可利用液相色谱的特点，与质谱或核磁共振联用确定其分子式和结构。
