干细胞有两种分类方法，一是根据干细胞所处的发育阶段分为胚胎干细胞（embryonic stem cell，ES细胞）和成体干细胞（somatic stem cell）。第二种分类方法是根据干细胞的发育潜能分为三类：干细胞（totipotent stem cell,TSC）、多能干细胞（pluripotent stem cell）和单能干细胞（unipotent stem cell）。胚胎干细胞的发育等级较高，是干细胞，而成体干细胞的发育等级较低，是多能或单能干细胞。
一、按干细胞的发育潜能分类
1、性干细胞（Totipotent stem cells）。 它具有形成完整个体的分化潜能。如胚胎干细胞（Embryonic stem cells，ESC），具有与早期胚胎细胞相似的形态特征和很强的分化能力，可以无限增殖并分化成为全身200多种细胞类型，进一步形成机体的所有组织、器官。
2、多能性干细胞（Pluripotent stem cells）。 这种干细胞具有分化出多种组织细胞的潜能，但却失去了发育成完整个体的能力，发育潜能受到一定的限制。骨髓多能造血干细胞是典型的例子，它可分化出至少12种血细胞，但不能分化出造血系统以外的其它细胞。
3、单能干细胞。也称专能或偏能干细胞（Unipotent stem cells）。这类干细胞只能向一种类型或密切相关的两种类型的细胞分化，如上皮组织基底层的干细胞、肌肉中的成肌细胞或叫卫星细胞。
从干细胞到成熟细胞有许多分化阶段：zui原始的干细胞是性干细胞，具有自我更新和分化为任何类型组织的能力。迄今为止，只在受精卵才符合这样的定义，囊胚期的胚胎干细胞是否具有性仍存在很大争议。分化方向已确定的干细胞叫做多能干细胞，它们将分化为特定的组织，例如造血干细胞将分化为血细胞，肝脏干细胞将分化为肝细胞。这些多能干细胞继续向前分化则成为定向祖细胞（Committed progenitor）。持续停留在某种组织中的干细胞被称为组织特异性干细胞，如造血干细胞（Hematopoietic stem cell，HSC）、肌肉干细胞、表皮层干细胞等都属于此类。随着机体的发育，干细胞逐渐分化为特定类型并行使特定功能。很多成年人组织含有干细胞，当组织受到外伤、老化、疾病等的损伤时，这些细胞就增殖分化。产生新的组织来代替它们，以保持机体的稳态平衡。
二、按干细胞所处的发育阶段分类
1、胚胎干细胞（Embryonic Stem cell，ESC）。

胚胎干细胞当受精卵分裂发育成囊胚时，内层细胞团（Inner Cell Mass）的细胞即为胚胎干细胞。胚胎干细胞具有性，可以自我更新并具有分化为体内所有组织的能力。早在1970年Martin Evans已从小鼠中分离出胚胎干细胞并在体外进行培养。而人的胚胎干细胞的体外培养直到zui近才获得成功。
进一步说，胚胎干细胞是一种高度未分化细胞。它具有发育的性，能分化出成体动物的所有组织和器官，包括生殖细胞。研究和利用胚胎干细胞是当前生物工程领域的核心问题之一。胚胎干细胞的研究可追溯到上世纪五十年代，由于畸胎瘤干细胞的发现开始了胚胎干细胞的生物学研究历程。
目前许多研究工作都是以小鼠胚胎干细胞为研究对象展开的，如：德美医学小组在去年成功的向试验鼠体内移植了由胚胎干细胞培养出的神经胶质细胞。此后，密苏里的研究人员通过鼠胚细胞移植技术，使瘫痪的猫恢复了部分肢体活动能力。随着胚胎干细胞的研究日益深入，生命科学家对人类胚胎干细胞的了解迈入了一个新的阶段。在98年末，两个研究小组成功的培养出人类胚胎干细胞，保持了胚胎干细胞分化为各种体细胞的性。这样就使科学家利用人类胚胎干细胞治疗各种疾病成为可能。然而，人类胚胎干细胞的研究工作引起了*范围内的很大争议，出于社会伦理学方面的原因，有些国家甚至明令禁止进行人类胚胎干细胞研究。无论从基础研究角度来讲还是从临床应用方面来看，人类胚胎干细胞带给人类的益处远远大于在伦理方面可能造成的负面影响，因此要求展开人类胚胎干细胞研究的呼声也一浪高似一浪。
2、成体干细胞（somatic stem cell，SSC）
成年动物的许多组织和器官，比如表皮和造血系统，具有修复和再生的能力。成体干细胞在其中起着关键的作用。在特定条件下，成体干细胞或者产生新的干细胞，或者按一定的程序分化，形成新的功能细胞，从而使组织和器官保持生长和衰退的动态平衡。过去认为成体干细胞主要包括上皮干细胞和造血干细胞。zui近研究表明，以往认为不能再生的神经组织仍然包含神经干细胞,说明成体干细胞普遍存在，问题是如何寻找和分离各种组织特异性干细胞。成体干细胞经常位于特定的微环境中。微环境中的间质细胞能够产生一系列生长因子或配体，与干细胞相互作用，控制干细胞的更新和分化。
3、造血干细胞
造血干细胞是体内各种血细胞的*来源，它主要存在于骨髓、外周血、脐带血中。今年年初，协和医大血液学研究所的庞文新又在肌肉组织中发现了具有造血潜能的干细胞。造血干细胞的移植是治疗血液系统疾病、先天性遗传疾病以及多发性和转移性恶性肿瘤疾病的zui有效方法。
在临床治疗中，造血干细胞应用较早，在20世纪五十年代，临床上就开始应用骨髓移植（BMT）方法来治疗血液系统疾病。到八十年代末，外周血干细胞移植（PBSCT）技术逐渐推广开来，绝大多数为自体外周血干细胞移植（APBSCT），在提高治疗有效率和缩短疗程方面优于常规治疗，且效果令人满意。与两者相比，脐血干细胞移植的长处在于无来源的限制，对HLA配型要求不高，不易受病毒或肿瘤的污染。
在今年初，东北地区*脐血干细胞移植成功，又为中国造血干细胞移植技术注入新的活力。随着脐血干细胞移植技术的不断完善，它可能会代替目前APBSCT的地位，为*更多的血液病及恶性肿瘤的患者带来福音。
4、神经干细胞
神经干细胞关于神经干细胞研究起步较晚，由于分离神经干细胞所需的胎儿脑组织较难取材，加之胚胎细胞研究的争议尚未平息，神经干细胞的研究仍处于初级阶段。理论上讲，任何一种中枢神经系统疾病都可归结为神经干细胞功能的紊乱。脑和脊髓由于血脑屏障的存在使之在干细胞移植到中枢神经系统后不会产生免疫排斥反应，如：给帕金森氏综合症患者的脑内移植含有多巴胺生成细胞的神经干细胞，可*部分患者症状。除此之外，神经干细胞的功能还可延伸到药物检测方面，对判断药物有效性、毒性有一定的作用。实际上，到目前为止，人们对干细胞的了解仍存在许多盲区。2000年年初美国研究人员无意中发现在胰腺中存有干细胞；加拿大研究人员在人、鼠、牛的视网膜中发现了始终处于“休眠状态的干细胞”；有些科学家证实骨髓干细胞可发育成肝细胞，脑干细胞可发育成血细胞。
随着干细胞研究领域向深度和广度不断扩展，人们对干细胞的了解也将更加全面。21世纪是生命科学的时代，也是为人类的健康长寿创造世界奇迹的时代，干细胞的应用将有广阔前景。
5、肌肉干细胞（muscle stem cell，MSC）
可发育分化为成肌细胞（myoblasts），后者可互相融合成为多核的肌纤维，形成骨骼肌zui基本的结构。