一站式非变性PAGE电泳套装
产品及特点非变性PAGE电泳是研究SSCP-PCR(single-strand conformation polymorphism-PCR、单链PCR片段构象多态性)和凝胶滞阻(Gel Shift)的重要研究手段,因为在非变性PAGE中, DNA的迁移率除跟长短相关外,还跟其构象和结合的蛋白质相关。本产品就是专门用于非变性PAGE的试剂,它具有下列特点:
1.一站式,用户只需要准备水和样品,十分方便。
2.安全,免去了实验人员接触粉末状的剧毒物品丙烯酰胺。
3.灵活,提供的丙烯酰胺和甲叉双丙烯酰胺便于用户配制各种交联度的PAGE胶,用于各种不同实验。
4.PAGE电泳后可直接用于银染等后续试验。
规格及成分成份30次大纸盒包装
丙烯酰胺干粉(CAT#:100876-60)60 g
甲叉双丙烯酰胺干粉(CAT#:100877-3)3 g
TEMED(CAT#:100880-1.5)1.5 mL
过硫酸铵干粉(CAT#:100879-1)1 g
DNA非变性PAGE上样液,2×(CAT#100875-1.5)1 mL
TBE电泳液,10×(CAT#:90313)250 mL
使用手册1份
运输及保存常温运输,保存条件见上表,有效期一年。
自备试剂去离子水
使用方法下面以SSCP-PCR为例说明DNA非变性PAGE电泳浓度和交联度的选择,非SSCP-PCR实验需要自行摸索相关参数。
一、PAGE浓度的选择:使用浓度为5-12%的丙烯酰胺胶,因为SSCP-PCR的扩增长度一般在150-200 bp之间,而5%的PAGE的有效分辨范围为80-500bp、8%的PAGE的有效分辨范围为60-400bp、12%的PAGE的有效分辨范围为40-200bp。
二、PAGE交联度的选择:交联度越低,孔径越大,对DNA分子构象的变化越灵敏,SSCP分辨率越高,但过低则胶太软,不好进行电泳后的后续操作,所以一般选择1-2%的交联度(即丙烯酰胺:甲叉双丙烯酰胺在49:1到48:2之间)。
三、体积的选择:SSCP-PCR检测需要长约30-40 cm的测序胶板,可以结合梳子的厚度,计算胶的体积。
操作:
1.*次使用本产品时需先配制30%丙烯酰胺溶液:在本产品提供的装有60克丙烯酰胺干粉的塑料瓶中加入146 mL自备的去离子水,充分摇晃直到溶解即得200 mL 30%丙烯酰胺溶液(用手大约摇10-20分钟)。
2.*次使用本产品时还需配制一定交联度的30%丙烯酰胺-甲叉双丙烯酰胺溶液: 不同实验需要加入不同比例的甲叉双丙烯酰胺。对一般分离实验,丙烯酰胺与甲叉双丙烯酰胺比例一般在19:1左右,因为此时PAGE胶的孔径zui小,分辨率zui高。制备方法是将3g甲叉双丙烯酰胺干粉加入到200 mL上步配好的30%丙烯酰胺溶液中。对检测DNA空间构型的PAGE胶(如SSCP-PCR产物)如果需要配制的交联度是49:1,则加入的甲叉双丙烯酰胺的量是丙烯酰胺的量(60 g)的49分之1。配好的30%AB溶液4℃避光保存并在1月内用完。
3.配制PAGE胶(这是配制100 mL胶的用量,配制更大体积的胶则需以此用量为基础按比例增加)。在一个250mL的三角瓶中,先按下表的用量加入去离子水、40%丙烯酰胺溶液和10×TBE缓冲液。丙烯酰胺单体溶液具有神经毒性,一定要戴手套操作。
PAGE
胶浓度各成分用量(单位:mL)总体积
(mL)
去离子水30%丙烯酰胺10×TBE
缓冲液
5%73.316.710.0100
6%70.020.010.0100
7%66.723.310.010.00
8%63.326.710.0100
9%60.030.010.0100
10%56.733.310.0100
11%53.336.710.0100
12%50.040.010.0100
注:有大量文献报道PAGE胶中加入5%-10%的甘油能提高某些SSCP-PCR产物的分辨率。如果选择加入10%的甘油,则减少去离子水的用量10mL,同时加入10 mL甘油。
C:摇晃混匀。能抽真空10-15分钟以去除溶液中的氧气(氧气能抑制丙烯酰胺聚合反应),无条件也可以不脱氧。
D:加入500 uL 10%APS和100 uL TEMED,迅速摇匀后倒胶。
E: 在胶的液面距离达到顶部时停止灌胶,插入梳子。
F: 室温聚合30-60分钟(低温抑制聚合反应)。
G: 拔出梳子,用1×TEB液冲洗加样孔。
H: 放4℃冰箱预冷30分钟-12小时。为了防止胶收缩,顶部加少量1×TBE缓冲液。预冷的胶有利于保持单链DNA的构型。
4.将预冷的凝胶板固定在电泳装置上,往上槽和下槽中加入足够1×TEB电泳液。
5.取3-5 uL SSCP-PCR样品,加入等体积2×非变性PAGE上样液,85℃处理5分钟后冰浴。用前短暂离心后取2 uL上样。
6.连接电源线,打开电源开关。如果PAGE中不含甘油,则使用25W的功率,电泳5-7小时(对3-40cm长的PAGE胶而言)。如果使用含甘油的PAGE,则使用8W的功率,电泳16-18小时。由于温度变化过大会改变DNA构型,所以电泳时能保持恒温。对不含甘油的PAGE,恒温在4℃、对含甘油的PAGE,恒温在25℃。
7.终止电泳,取出凝胶进行后续的处理(如银染)。